南方干旱原因十分复杂，它与大气环流的年与年之间的变化和当地复杂的地形有关，由于降水在时间上变化大，空间上分布又不均匀，形成南方“块块旱，插花旱”的特点。另外，南方山区生态环境较脆弱，人为因素不容忽视。

形成南方干旱的主要原因之一是位于东亚附近的大气环流的调整。我国境内的气旋、气团、雨带活动较规律，但异常情况也经常发生。

南方地区的降水主要是对流雨，如果冬季高纬度的冷空气强度太弱，不容易向南移动，对流就不易形成，降水也就相应减少。春天和夏天，如果南方暖湿气团势力削弱，也不容易形成降水，会在某些年份遇到比较严重的干旱，如长江中下游地区1959年为“空梅”（没有黄梅天的梅雨季节），1978年“梅雨”提前结束，1994年也几乎为“空梅”，结果都形成了特大旱灾。

另外，人为因素虽然不至于引起干旱，但却可以加剧干旱。例如，由于滥砍滥伐，森林覆盖率降低，森林的蓄水、保水作用逐渐丧失，从而导致生态环境恶化，旱情加剧。