湖泊跟河流相比，特殊性集中体现在五个方面。

一是河湖关系复杂，湖泊的管理保护需要与入湖河流通盘考虑。

二是湖泊水体连通的特殊性。上下游不像河流那么清楚，断面也不易确定，准确确定沿湖区域保护责任比较困难。

三是湖泊水域岸线和周边普遍存在种植、养殖、旅游开发等活动，管理保护更加重要，管理不当容易导致无序开发。

四是湖泊水体的流动相对缓慢，营养物质及污染物容易富集，遭受污染后，治理难度大。

五是湖泊遭受破坏对环境影响巨大，必须严格管理。